由於生產的波動，反滲透設備不可避免地要經常停運，短期或長期停用時必須採取保護措施，不適當地處理會導致膜性能下降且不可恢復。無論是短期或是長期停用綠健水處理公司都建議各用戶按照以下方法進行保存
短期保存適用於停運5-30天以下的系統，可採用每5天低壓沖洗的方法來保護反滲透設備，同時注意將氣體從系統中完全排除，採用膜系統產水沖洗膜系統會有助於防止污染。實踐發現，水溫20℃以上時，反滲透設備中的水存放3天就會發臭變質，有大量細菌繁殖。因此，建議水溫高於20℃時，每2天或1天低壓沖洗一次，水溫低於20℃時，可以每3天低壓沖洗一次，每次沖洗完后需關閉反滲透凈水設備裝置上所有進出口閥門，防止氣體進入系統。
長期停用保護適用於停運15天以上的系統，這時必須用保護液(殺菌劑)充入凈水設備反滲透裝置進行保護。常用殺菌劑配方(複合膜)為甲醛10(質量分數)、異噻唑啉酮20mg/l、亞硫酸氫鈉1(質量分數)，當殺菌劑充滿反滲透膜系統后，關閉閥門和泵使殺菌劑保留於膜系統中，此時應確認系統完全充滿，如果溫度低於27度，應每隔30天用新的殺菌劑進行重新清洗，如果溫度高於27度，應每隔15天更換一次殺菌劑。
在反滲透膜系統重新投入使用前，用低壓給水沖洗系統1小時，然後再用高壓給水沖洗系統5-10分鐘。不過無論是高壓沖洗還是低壓沖洗的時候，系統的產水排放閥均應全部打開。在恢復系統正常制水前，應檢查並確認所產純水中不含有任何殺菌劑。
