膜分離過程主要分為微濾、超濾、納濾、反滲透和電滲析等過程。因中草藥有效成份的分子量在1000以下，而無效成份的分子量達幾萬到幾十萬，非常適合用超濾進行分離提純，也適合採用納濾技術對中藥進行濃縮，實現節能和提高產品品質目的。
採用超濾技術可以濾除中藥水提液或醇提液中相對分子質量大於幾萬的無效成份，如纖維素、黏液質、樹膠、澱粉、鞣質、蛋白質（少數藥材除外）、樹脂等，比如採用超濾提取中藥有效部位和有效成份，如黃芩甘、六味地黃活性多糖、側柏葉總黃酮等。超濾技術還廣泛應用於中藥注射液的製備，如採用兩步超濾膜製備伸筋草注射液，採用截留分子量為1萬~3萬超濾膜驅除大分子物質，採用截留分子量6000的超濾膜除去小分子雜質及製備過程中加入的氯化鈉。
製備得到的注射液，受率高、澄清度好，氯化鈉含量從5%下降到1%，流程簡單，易批量生產。
在中藥口服液製備中超濾技術也得到廣泛應用，如在生脈飲口服液生產中，超濾法同水提醇沉法相比總固體提高51.83%；總黃酮提高23.40%，總多糖提高90.08%；總有機酸提高8.03%；色澤由棕色變為淺棕色，原工藝（水提醇沉法）生產的生脈飲口服液貯存6個月即產生沉澱，而新工藝（超濾法）生產的生脈飲口服液放置18個月後仍澄清透明。原生產工藝中需大量使用酒精，而且在用專用設備回收酒精時，不但設備投資大，而且酒精耗損量在30%以上，嚴重污染了環境，而新工藝不存在這些弊端。
由於中藥的有效成份分子量一般為1000以下，比較適合用納濾濃縮。中藥的傳統濃縮方法，如多效蒸餾有很多的弊端，存在能耗高，有機溶劑損耗嚴重，對水資源和大氣污染嚴重，有效成份損失高的缺點。納濾應用於中藥的濃縮和分離則有效地解決了以上的問題。由於納濾膜運行於常溫無相變，對於中藥中一些熱敏性藥物如皂甙、甾類、萜類等的分離和濃縮更為合適。
採用納濾膜分離技術用於雲南白藥皂甙的醇提液濃縮分離，可將納濾的透過液（酒精）直接回用於生產工藝，由於膜分離系統可實現封閉循環，乙醇損耗大大減少。蒸汽、真空消耗量也減少，生產工藝簡化，人員節省，生產周期縮短，產品質量穩定並提高；採用納濾膜分離技術用於中藥水提液濃縮分離，蒸汽耗量減少，生產周期大大縮短，人員節省，透過液（水）可考慮回用於生產工藝中，產品的質量將更穩定和改善。
經初步估算，一年內酒精損耗減少這一項的費用可將設備的投資成本收回。目前該系統運行參數比較穩定，初步滿足設計要求。在銀杏黃酮、葛根素等中藥的生產過程中，也成功地採用納濾來預濃縮，對料液濃縮20倍以上，再進入負壓三效濃縮，實現節能80%以上，同時回收酒精，實現清潔生產。
膜技術在氨基酸行業中的應用
膜分離技術是利用膜對混合物中各組份的選擇透過性能來分離、提純和濃縮的產物的新型分離技術，膜分離過程是一種無相變、低能耗物理分離過程，具有高效、節能、無污染、操作方便和用途廣等特點，被國外稱為二十一世紀最有發展前途的十大高新技術之一。
蘇氨酸是一種必需的氨基酸，主要用於醫藥、化學試劑、食品強化劑、飼料添加劑等方面。蘇氨酸生產過程中離心分離產生的一次母液，無機鹽含量高，原工藝採用離子交換樹脂法除鹽，離交液通過活性炭脫色、去除部分蛋白，製成粗品。傳統工藝需要消耗大量的酸鹼，樹脂再生周期短，易損耗，廢酸鹼液的排放污染周圍環境，脫色環節活性碳消耗大，無形中提高了企業生產運行成本，環保壓力重。
在福建生產蘇氨酸的工藝中，採用特種「電滲析＋納濾膜」 作為一次離心母液進行脫鹽和脫色提純主體處理工藝。
蘇氨酸一次離心母液先經過0.5％活性炭和微濾處理，其中中空微濾膜系統收率≥98%；處理后的離心母液採用特種電滲析去除大部分的無機鹽，初始電導率100
000~130 000μs/cm降至電導率14 000~16
000μs/cm，脫除率達到88％，蘇氨酸損失率≤10％；電滲析脫鹽液通過納濾系統脫色提純，納濾膜系統包括預處理和脫色提純系統兩部分。
預過濾系統除去電滲析脫鹽液里可能存在的固體顆粒、懸浮物等機械雜質。脫色提純系統利用分離效率高、截留分子量約700~800納濾膜分離物料，在壓力驅動下，水和蘇氨酸透過納濾膜進入透過液側，進入下一道生產工序，同時截留蛋白、大部分色素和大分子有機物等，實現脫鹽液的除雜提純，蘇氨酸收率（包括截留液和透過清液）≥98%。
採用多種膜技術處理蘇氨酸一次離心母液，簡化生產工藝，提高產品品質，從而可以實現經濟效益與環境效益相統一。
對羥基苯甘氨酸是一種醫藥中間體，生產過程中會產生高鹽份母液。母液原先的處理工藝是經過離子交換樹脂除鹽，再通過活性炭脫色，最後與濾液一起進入正常提煉工藝。
母液套用一定次數后，雜質累積，影響產品質量，這時需要將母液排放。原工藝的弊端在於酸鹼耗量大，樹脂損耗量較大，導致生產成本較高，同時由於酸鹼的排放，對環境產生較重的污染。
通過現場近一個月的中試，建立60m3/d對羥基苯甘氨酸離心母液特種電滲析脫鹽系統。運行的結果見表1
另外，膜技術還應用於在谷氨醯胺、精氨酸等的生產工藝中，如採用電滲析膜脫鹽技術迦納濾膜脫色提純后，精氨酸母液的透光可達80％~92.7％；在谷氨醯胺料液處理工藝中，電滲析膜的脫鹽率（以電導率計）可達90％左右。
膜技術在抗生素行業中的應用
目前，膜分離技術在抗生素中的應用主要是在抗生素髮酵液的澄清，產品的除蛋白、脫鹽濃縮以及廢液中抗生素的濃縮回收等幾個方面。
